In Italien wird während mehreren Jahren zwischen Domodossola und Milano der Vier-Meter-Korridor ausgebaut, was dem alpenquerenden Güterverkehr zugutekommt. Dies führt dazu, dass auf der Simplon-Achse das Angebot über mehrere Jahre reduziert werden muss. So kann auch 2025 ganzjährig, jeweils von Montag bis Freitag, ein Zug weniger pro Richtung zwischen Basel‒Bern‒Milano und Genf‒Brig‒Milano verkehren. Es verkehren werktags weiterhin sechs Züge pro Richtung und Tag, am Wochenende bleibt das Angebot unverändert bei acht Zügen. 

Vom 8. Juni bis 27. Juli sowie 31. August bis 12. September 2025 ist die Strecke zwischen Domodossola und Milano ganz für den Zugverkehr gesperrt. Dadurch fallen alle EC-Züge zwischen Domodossola und Milano aus. Ein Ersatzkonzept mit Bussen wird erarbeitet. 

Aufgrund von Fahrbahn- und Weichenerneuerungen im Norden von Dijon werden von voraussichtlich 01. September bis 05. Dezember 2025 jeweils von Montag bis Freitag weniger TGV von Zürich und Lausanne nach Paris und zurück verkehren. Auf der Strecke Zürich–Paris kann es zu Umleitungen via Strasbourg und damit zu Fahrzeitverlängerungen kommen.

Die Strecke Basel–St. Johann ist aufgrund von Anpassungen des Vier-Meter-Korridors zugunsten des Güterverkehrs an allen Wochenenden im Oktober 2025 gesperrt. Diese Bauarbeiten haben zur Folge, dass die TGV zwischen Basel SBB und Mulhouse sowie TER zwischen Basel SBB und St. Louis jeweils von Freitag, 22:45 bis Montag, 05:00 ausfallen. Das Ersatzkonzept ist in Arbeit. 

An der Grenze Deutschland–Niederlande finden ganzjährig Bauarbeiten zwischen Oberhausen und Emmerich statt. Die Nachtzüge werden umgeleitet, wodurch es zu Änderungen bei den Fahrzeiten sowie den Halten auf der Strecke kommt. Der Nachtzug hält neu in Eindhoven statt in Arnhem.

Vom 22. Februar bis 22. April 2025 finden umfangreiche Bauarbeiten im Raum Weil am Rhein statt, wodurch die Strecke für den Zugverkehr eingeschränkt ist. Während dieser Zeit fallen die ICE-Züge Basel SBB–Köln– Hamburg der Linie 43 (Abfahrt: Minute 13 ab Basel SBB) zwischen Basel SBB und Karlsruhe aus. Für Reisende nach Frankfurt Flughafen, Köln/Nordrhein-Westfalen ist vorübergehend ein Umstieg in Mannheim notwendig. Der Online-Fahrplan ist angepasst.

Vom 26. Juli bis 5. September 2025 enden die IC von Zürich nach Stuttgart in Stuttgart Vaihingen. Reisende steigen in Vaihingen auf die S-Bahn um. 

Vom 26. August bis 5. September 2025 ist die Strecke zwischen Buchenau und Fürstenfeldbruck (Strecke Buchloe–München) wegen Fahrbahnerneuerungen für den Zugverkehr gesperrt. Die EC-Züge zwischen Zürich und München können nicht durchgehend verkehren. Das Ersatzkonzept ist in Arbeit. 

Aufgrund der Kumulation von Langsamfahrstellen im Raum Gossau SG–St. Margrethen kann der EC München zu bestimmten Zeiträumen nicht in St. Margrethen halten. Im Zeitraum vom 06. bis 13. April 2025 fährt der EC München in beide Richtungen ohne Halt durch St. Margrethen. Zwischen dem 07. und dem 16. Juli 2025 wird der Halt in St. Margrethen in Fahrtrichtung Zürich–Bregenz–München ausgesetzt. Vom 20. Juli bis zum 19. August 2025 sowie vom 09. September bis zum 13. November 2025 fährt der EC München in beiden Richtungen ohne Halt durch St. Margrethen.

Aufgrund von Unterhaltsarbeiten zwischen dem Ötztal und Bludenz können vom 23. bis 29. April sowie vom 6. Oktober bis 2. November 2025 keine Züge entlang der Arlbergstrecke fahren. Während den Sperren verkehren Ersatzbusse für die Railjet-Züge. Die EC und Nachtzüge werden via München umgeleitet, was zu Änderungen bei den Fahrzeiten führt. 

Aufgrund der Modernisierung des Tauerntunnels werden die Nachtzüge von/nach Zagreb vom 18. November 2024 bis 13. Juli 2025 umgeleitet, was zu verlängerten Fahrzeiten und angepassten Ankunfts- und Abfahrtszeiten führt, der Halt Ljubljana entfällt. Reisende gelangen über Graz nach Ljubljana, wodurch sich die Reisezeit verlängert und es zu zusätzlichen Umstiegen kommt.