Basel–Bern–Brig/–Interlaken Ost (IC6, IC61).

Aufgrund umfangreicher Bauarbeiten im Aaretal werden die Fahrzeiten zwischen Bern und Brig und zwischen Bern und Interlaken Ost im Minutenbereich angepasst. 

Basel–Zürich HB/–Flughafen (IR36, IR37).

• An Wochenenden verkehren zusätzliche RE von Basel SBB (ab 20.27 Uhr) nach Zürich HB (an 21.49 Uhr) und von Zürich HB (ab 22.10 Uhr) nach Basel SBB (an 23.24 Uhr). 
• Infolge Bauarbeiten in Zürich Flughafen fallen die Züge des IR36 zwischen Zürich Oerlikon und Zürich Flughafen an vier Wochenenden vom 17. Januar bis 10. Februar 2025 sowie durchgehend vom 12. Mai bis am 6. Juli und vom 11. August bis am 3. Oktober 2025 aus.

Basel–Genfersee (IC5, IC51).

In der Westschweiz steht der grösste Fahrplanwechsel seit der Einführung von Bahn 2000 im Dezember 2004 an. Reisende von Basel nach Lausanne steigen neu in Biel/Bienne um. Reisende von Basel nach Genève/Genève-Aéroport steigen neu in Biel/Bienne und Renens VD um.

Basel–Lugano (IC21).

• Die IC21 Basel SBB–Lugano halten nicht mehr in Altdorf.
• Aufgrund diverser Bauarbeiten im Tessin gilt vom 21.6. bis am 31.8.2025 ein spezieller Sommerbaufahrplan. In dieser Zeit gibt es unter anderem in Lugano keinen Anschluss vom IC2/21 auf den RE80.

Basel–Olten.

Aufgrund der Sanierungsarbeiten am Hauenstein-Basistunnel ergeben sich diverse Fahrtzeitanpassungen in den Abendstunden und an bestimmten Wochenenden. Betroffen sind die Linien IC3, IC6/61, IC21, IR26, IR27, IR37, S3 sowie EC, ICE und TGV.

Nachtnetz S-Bahn Basel (S1).

Das Nachtnetz der S-Bahn Basel wird erweitert. Dazu verkehren, als 1. Etappe, die Nachtnetzzüge der S1 neu bis nach Frick statt Möhlin und fahren in Basel SBB um eine halbe Stunde verschoben ab (Basel SBB ab neu xx.20 Uhr). In Frick besteht teilweise ein Anschluss nach/von Brugg AG. Die 2. Etappe der Nachtnetzerweiterung (Basel SBB–Olten) kann aufgrund der Hauenstein-Basistunnel-Sanierung erst in einigen Jahren erfolgen.

Sissach–Läufelfingen–Olten (S9).

Aufgrund der Sanierungsarbeiten am Hauenstein-Basistunnel fallen die letzten beiden Zugverbindungen der S9 in beiden Richtungen jeweils in den Nächten Sonntag/Montag bis Donnerstag/Freitag von 5. Januar bis 14. Dezember 2025 aus und werden durch Busse ersetzt.