Luzern–Zürich–Ostschweiz (IR70, IR75, IR13).

Nach Abschluss der Bauarbeiten in Zürich Wipkingen verkehren die IR70/IR13 und IR75 wieder mehrheitlich durchgehend zwischen Luzern–Zürich HB–Zürich Flughafen–Konstanz/Sargans. Reisende von Luzern erreichen Zürich Flughafen somit wieder direkt, ohne Umsteigen.

Basel–/Zürich HB–Lugano (IC2, IC21).

• Neu halten die IC2-Züge (Zürich–Lugano) statt die IC21-Züge (Basel–Lugano) in Altdorf. Damit erhält der Kanton Uri häufigere und schnellere Direktverbindungen von und nach Zürich. Die IC2-Züge halten alle zwei Stunden in Altdorf. Dadurch gibt es jede Stunde eine direkte Fernverkehrsverbindung zwischen Altdorf und Zürich.
• Aufgrund diverser Bauarbeiten im Tessin gilt vom 21. Juni bis am 31. August 2025 ein spezieller Sommerbaufahrplan. Während dieser Zeit gibt es in Lugano keinen Anschluss vom IC2/21 auf den RE80. 

Luzern–Olten (RE24).

Es verkehrt neu ein zusätzlicher Zug des RE24 um 05.06 Uhr ab Olten mit Ankunft um 5.55 Uhr in Luzern.

Baar Lindenpark–Erstfeld (S2).

Neu verkehrt ein Frühzug der S2 von Arth-Goldau ab 5.54 Uhr bis nach Erstfeld und anschliessend weiter als IR bis Locarno. Als Rollmaterial kommt ein Traverso der SOB zum Einsatz. Dieser Zug bietet auch eine interessante frühe Verbindung nach Göschenen mit Umstieg nach Andermatt.

Sursee–Luzern–Baar (S1).

• Es verkehrt neu ein zusätzlicher Zug der S1 um 4.47 Uhr ab Sursee mit Ankunft in Luzern um 5.14 Uhr mit Weiterfahrt nach Baar (Ankunft 5.57 Uhr).
• Es verkehren zusätzliche Entlastungszüge zwischen (Ebikon–)Rotkreuz–Zug zur Hauptverkehrszeit morgens und abends. Damit können die am stärksten genutzten S1-Züge entlastet werden. Die Entlastungszüge bedienen alle Haltestellen. Die Haltestelle Zug Schutzengel kann bei Verkehren der Entlastungszüge hingegen durch sechs reguläre S1-Kurse (drei pro Richtung) nicht bedient werden.

Thayngen–Winterthur–Zürich HB–Zug (S24).

Nach Abschluss der Bauarbeiten in Zürich Wipkingen kann die S24 wieder durchgehend auf der Strecke Schaffhausen/Weinfelden–Winterthur–Zürich HB–Zug verkehren.

Olten–Aarau–Lenzburg-Rotkreuz (S26).

In den Nächten Freitag auf Samstag und Samstag auf Sonntag verkehrt ab Olten (1.05 Uhr) eine neue Nachtverbindung bis Muri (an 1.51 Uhr).

Luzern–Sursee–Olten (SN1).

Die Nacht-S-Bahn SN1 von Sursee nach Olten und umgekehrt verkehrt neu bis/ab Luzern (Luzern ab 1.30/2.30 Uhr, Olten an 2.25/3.25 Uhr). In Olten besteht Anschluss auf die SN11 nach Zürich HB. Die Rückfahrt erfolgt ab Olten um 2.32/3.32 Uhr mit Ankunft in Luzern um 3.25/4.25 Uhr.